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产品介绍
微生物是地球上已知种类最多、数量最大、分布最广的生物类群，仅原核微生物的总量大约就达4×1030-6×1030个。但是据估计，自然环境中超过99%的微生物不能用传统的方法进行纯培养，因而也不能对它们开展依赖于纯培养的生物技术或基础方面的研究。为了克服传统纯培养技术的不足，充分挖掘此类未培养微生物所蕴涵的巨大潜能，研究者们发展了宏基因组学的研究方法。利用分子生物学的研究方法绕过纯培养技术来研究微生物的多样性及功能，提供了一种探知微生物多样性结构和功能基因组的免培养方法，是一条寻找新基因及其产物的新途径。
研究内容
宏基因组：
宏基因组将所获取的样本中的全基因组进行高通量测序，以该环境样本中所有的微生物基因组数据，采取denovo组装技术，对该微生物的群落结构、群体基因组成与功能，以及代谢通路等进行深度分析，从而对环境中微生物群落内部、微生物、环境与基因的相关关系做深入挖掘，找到具有应用价值的基因 。
产品优势
研究内容多样：通过对群落中所有微生物进行全基因组分析，研究群落的物种、基因、功能结构/差异，并可以和宏转录组、代谢组学等进行关联分析，深入研究微生物的作用机制。
可组装单菌：对于简单的环境，可以通过三代测序或提高测序深度，获得较好的单菌基因组，并进行深入的功能挖掘。
样本类型广泛：粪便、唾液、牙菌斑、土壤、水体、空气等有微生物存在的样本都可以用于宏基因组测序。
取样建议有针对性：对粪便、土壤、水体、滤膜、水体等样本提供标准的取样建议，其他类型样本个性化沟通确认最优的取样和提取方法。
个性化分析：提供针对人体微生物的个性化分析/高级分析内容，其他个性化分析需求可与信息分析同事沟通。
建库流程
1. 将检测合格的基因组DNA样品用物理方法随机打断成250-350bp的片段
2. 对打断的DNA片段进行末端修复
3. 在3’端连接A碱基
4. 在DNA片段两端连接上测序接头
5. 片段选择并进行数个cycle的PCR扩增
6. PCR产物纯化并回收目的片段
7. 文库质控与定量
8. 将质量检测合格的文库上机测序
信息分析内容
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信息分析条款 |
信息分析内容 |
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数据处理 |
· 去除接头污染和低质量数据 · 去除宿主污染（需提供参考序列） · 产出数据及质控统计 |
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宏基因组组装与基因集构建 |
· 宏基因组de novo组装 · 原噬菌体与转座元件预测 · 基因集构建 |
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基因功能注释 |
· 通用数据库注释（GO、COG、 Swiss-Prot、KEGG、 nr） · 基于CAZy（Carbohydrate-Active enZymes）数据库的功能注释 · 基于eggNOG （evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups）数据库的功能注释 · 抗生素抗性因子分析（ARDB） |
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物种组成与多样性分析 |
· 物种统计 · 物种丰度分析 · 物种多样性分析 |
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基因丰度定量与差异分析 |
· 差异基因分析 · 差异基因聚类分析 · 差异基因的GO功能显著性富集分析 · 差异基因的Pathway显著性富集分析 |
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主成分分析 |
· PCA分析 |
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定制化分析 |
· 可结合客户的需求，协商确定信息分析内容 |
