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动植物denovo基因组测序
某物种不存在绘制好的基因组序列或者当前基因组序列质量无法满足后续物种起源进化及特定环境适应性等研究时，从而需要对该物种进行基因组测序及拼接组装，进而绘制该物种的全基因组序列图谱。根据基因组的复杂程度，基因组可分为简单基因组和复杂基因组。试验方案：
专业方案设计，科学合理的建库测序是高质量分析成果的基石。
| 简单基因组de novo 测序 | 复杂基因组de novo 测序 | |
| 纯二代 | 基于顶尖组装水平，简单或复杂基因组高质量组装 | |
| 文库类型 |
小片段文库：250 bp/450 bp 大片段文库：2 Kb/5 Kb/10 Kb |
小片段文库：250 bp/350 bp/450 bp 大片段文库库：2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb |
| 样本要求 | DNA总量>400ug | DNA总量>400ug |
| 测序策略与深度 | HiSeq PE150 100× | HiSeq PE150 200× |
| 承诺指标 |
哺乳动物和鸟类基因组：contig N50≥40 Kb scaffold N50≥4 Mb 其它物种基因组：contig N50≥30 Kb scaffold N50≥1 Mb |
contig N50≥20 Kb scaffold N50≥500 Kb |
| 组装策略（推荐） | 二代、三代混合拼接 | |
| 测序策略与深度 | 二代小片段（100×）+三代（40×）+10X Genomics | |
| 承诺指标 |
contig N50≥500 Kb scaffold N50≥1 Mb |
contig N50≥200 Kb scaffold N50≥1 Mb |
| 全三代拼接 | 全三代结合新技术，组装水平达到新高度 | |
| 测序策略与深度 | 三代（80×）+10x Genomics／BioNano／ChiCago | 三代（100×）+10X Genomics／BioNano／ChiCago |
| 承诺指标 |
contig N50≥1 Mb scaffold N50≥3 Mb |
contig N50≥500 Kb scaffold N50≥1 Mb |
生物信息分析：
基因组序列是研究物种分子生物学的基础，通过全基因组de novo测序，可得到物种全基因组序列图谱，通过比较基因组学分析可对物种进行基因家族分析，系统进化分析，正选择分析和共线性分析。
| De novo 测序 | 分析内容 | |
| 组装 |
组装策略 组装结果评估 |
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| 注释 |
重复序列注释 基因结构注释 基因功能注释 非编码RNA注释 |
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| 生物学分析 | 比较基因组学分析 |
基因家族分析 系统进化分析 正选择分析 共线性分析 |
| 个性化分析 |
针对物种自身特点 制定分析方案 |
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| 有参考基因组de novo 测序 | 特有基因检测 | |
| 变异检测 | ||
